据悉，有些水产芽孢杆菌，如枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌和纳豆芽孢杆菌，具有分泌抵菌物质的能力，可不同程度地抵御疾原菌的生长繁殖。当芽孢杆菌进入水生动物肠道时，可抵御致疾菌的生长，恢复肠道内稳态，提高机体的抗疾能力。将芽孢杆菌投入水体后，能够与有害菌竞争生态位点和营养物质，同时在生长代谢过程中还能分泌抵菌物质，来抵御疾原菌的生长。

　　副溶血弧菌为条件致疾菌，当养殖水体环境发生变化时，水产动物抵御力降低，较易引发对虾红体疾疫和海洋鱼类败血疾症等疾害。在学者通过对50株细菌的筛选，从海水中筛选出一株对副溶血性弧菌有较强抵御作用的枯草芽孢杆菌，并通过全基因组测序对其平安性进行了评价，是一株平安的高抵菌肽活性的枯草芽孢杆菌。纳豆水产芽孢杆菌能分泌抵菌脂肽等抵菌物质，有学者在对虾养殖池中饲喂不同浓度抵菌脂肽，研究了其对于弧菌的制约作用，发现其抵菌脂肽能够良好抵御养殖水体与对虾体内弧菌数量，促使对虾生长，饲喂100mg/kg抵菌脂肽对弧菌的抵御作用较好。

　　还有学者对鱼饲喂枯草芽孢杆菌jCL16来防范鱼诺卡氏菌，比较对照组16天后整体死亡，而实验组的鱼生率为60%，且发疾疫速度比对照组慢，说明芽孢杆菌对鲫鱼诺卡氏菌具有拮抗作用。

　　除了添加活菌外，水产芽孢杆菌分泌的一些具有抵菌活性的代谢产物也可作为水产养殖的饲料添加剂。其中，抵菌肽由于抵菌谱广、不易产生耐药性，逐渐成为水产养殖中替代抵生素的研究热点。在水产养殖中应用芽孢杆菌发酵液或其抵菌肽产品，可以促使水生动物的生长，抵御肠道和养殖环境中的致疾菌，提高水生动物的抵御力。在虾、中华绒螯蟹、罗非鱼、鲤鱼等水生动物的基础饲料中添加抵菌肽，可以促使养殖动物的生长，提高饲料系数，抵御肠道疾原体的生长。抵菌肽等抵菌物质在水产养殖中有着相当广阔的应用前景，将成为芽孢杆菌在水产养殖中应用的新转变。