水产芽孢杆菌能改良肠道健康，优化肠道菌群结构，间接增进了动物的抵御力。为研究芽孢杆菌对于虾幼体耐疾能力的影响，进行了60天的饲养试验，然后用副溶血性的弧菌感染约24h后，有关抵御基因显明升高，实验组生存率明显高于对照组。

　　在饲料中添加芽孢杆菌研究其对鱼抵御力的影响，饲喂5天后，采用嗜水单胞菌进行攻毒实验后168h，实验组生存率(60%)显明高于对照组(6.67%)，说明饲料中添加芽孢杆菌能增进鱼的抵御力。

　　有研究结果发现，在饲料中添加芽孢杆菌饲喂南美虾，尽管其肠道中的总细菌数没有太大变化，但弧菌数量却明显减少，通过检测发现，实验组血红细胞计数和高氧化物吱化酶以及酚氧化酶活性均明显高于对照组。说明饲喂芽孢杆菌增加了南美虾的抵御能力。

　　还有学者研究结果发现，养殖中添加芽孢杆菌之后，能显明改良青虾肠道菌群，增加其非特异性抵御力与耐疾疫的能力，结果表明，实验组在无乳链球菌攻击后累积死亡率显明低于对照组，其血清总耐氧化能力和肠道白细胞介素受体相关激酶基因表达显明升高，血清丙二醛含量和二胺氧化酶活性显明降低，说明适当剂量的丁酸梭菌可加强罗非鱼体液和肠道抵御力，较佳剂量为1×105CFUg。

　　还有学者在草鱼池塘中饲喂不同浓度芽孢杆菌，随着芽孢杆菌饲喂量的增加，草鱼总蛋白、血糖和血清溶菌酶呈上升趋势，高氧化物歧化酶水平显吸高于对照，同时草鱼肠道中嗜水气单胞菌比对照明显减少。

　　综上，水产芽孢杆菌能不同程度的增加水产动物的抵御力，增加其耐疾菌的能力，进而增加养殖产量。