有许多研究结果表明，水产芽孢杆菌具有降低氨氮和大分子有机物的能力，枯草芽孢杆菌和较大芽孢杆菌具有显明的除去氨氮和亚硝酸氮的功能，利用枯草芽孢杆菌制剂改良罗氏沼虾养殖池塘水质，氨氮较大降解率为59.61%，亚硝态氮的较大降解率为86.70%，地衣芽孢杆菌可以分解残饵中的蛋白质和淀粉;芽孢杆菌还可增进微藻、颤藻等有益藻类的生长，抵御嗜水气单胞菌、爱德华氏菌等水产致疾菌的繁殖扩散。此外，芽孢杆菌对养殖动物还有益生作用，像一些短小芽孢杆菌可以作为水产动物的促生长添加剂，添加芽孢杄菌的饲料可以越显明地提升其在养殖动物肠道中的作用。例如在饲料中添加枯草芽孢杆菌，可以显明增加宿主肠道内消化酶的活性，增加肠道中有益菌群(如双歧杆菌和乳杆菌)的数量。芽孢杆菌的种类繁多、功能各异，是目前在水产养殖中应用较为普遍，使用数量较多的菌种，其研究与发展前景相当广阔。

　　有研究人员对由不同市场中销售的水产芽孢杆菌产品中提取分离得到的7株芽孢杆菌进行分类筛选，发现芽孢杆菌C24在基本培养基和高盐的培养基中均能旺盛生长，分泌胞外酶，对氨氮的降解率均达到75%左右，并且同时具有降低亚硝态氮的能力，说明其生长速度快，有一定的抗逆性，能有益除去水中氨氮，可作为效率较高的氨氮降解水产试验菌种。C22作为试验中单一的厌氧类菌，生长速度缓慢，菌液浓度偏低，所表现出的酶活力、抵菌能力也较差，但在亚硝酸氮的降解试验中，对亚硝酸氮的降解率明显高于其他菌种，达到64.4%，可作为除去亚硝态氮的水产试验菌种。C12和C13生长速度较快，产蛋白酶、淀粉酶能力较强，可作为水体有机质降解的水产试验菌株。
　　该试验中得到的水产芽孢杆菌，虽然在除去氨氮，亚硝酸氮和有机物的降解等方面作用具有可行性，但其在应用实际生产中的降氨效果与有机物分解效率还需进一步研究。