畜禽益生菌通过良性调整寄宿环境、对内加强宿主抗疾力、对外拮抗不良疾原侵扰，从而整体提高宿主的抗疾力。
　　益生菌能调节肠道内菌群平衡，有益于消化道黏膜乃至呼吸道黏膜抵御外来细菌;同时体内益生菌数量的增加能增进消食系统及呼吸系统正常功能的发挥，提高机体抗疾力。
　　益生菌主要从以下几个方面的作用直接拮抗疾原微生物:

　　1、产生抵菌物质，益生菌在肠黏膜上产生过氧化氢、菌类素和类似抵抗菌素的抵菌物质，从而阻止致疾菌入侵，如有学者发现在肠道中，益生菌产生的代谢产物共轭亚油酸与巨噬细胞表面受体结合能够抵御结肠炎的发生;
　　2、畜禽益生菌通过产生酸性物质(如乳酸)减低肠道pH值，抵御对酸性环境敏锐的疾原菌的生长;
　　3、益生菌与黏膜上皮结合形成生物膜，降解粘性蛋白(一种细胞间基质糖蛋白，增进恶性瘤的形成)，维持肠道固有菌群，保持肠道内菌群平衡，挤占疾原菌的生存空间，使之不易吸附在黏膜上而被排出;
　　4、益生菌在肠道内产生厌氧环境，抵御致疾需氧微生物的生长，如枯草芽孢杆菌进人蛋鸡体内后，短期内迅速繁殖成为优良种群并消耗肠道中的氧败备，造成厌氧环境，在增进益生性厌氧微生物繁殖的同时，抵御致疾性需氧微生物如大肠杅菌等的生长。
　　5、大量研究结果表明，畜禽益生菌可以加强抗原递呈细胞(如树突状细胞/巨噬细胞)、NK细胞、抗疾活性细胞(B细胞细胞等抗疾细胞的活性，在先天抗疾和获得性抗疾中发挥作用。