二氧化氯消毒剂因它的多项优点，如效率快、没有损害性、去臭、不会产生耐药性等，被广泛的应用于多项领域中，其中在牲畜养殖业中成为消菌初选，接下来我们来看看它在牲畜养殖业中的应用：
　　一、饲料去霉保质：
　　二氧化氯能够起到抵生素的作用，防止养殖饲料的霉变。有研究结果表明，在养鸡饲料中喷洒二氧化氯消毒剂，可降低肉鸡疾死率15%左右，降低蛋鸡疾死率10%有左右。同时，对于蛋鸡的产蛋率也有大幅的上提，使孵化率增加10%左右，产蛋的质量、色泽等也有明显的好转。在猪饲料中喷洒二氧化氯，猪的日增重量可增加5%～8%左右，饲料的日消耗可降低17%～18%左右，发疾率也降低了35%～70%。
　　二、圈舍环境消毒：
　　对于受染了猪瘟、口蹄疫、禽感等疾疫的圈舍，使用浓度为300mg/L的二氧化氯可消灭受染的疾菌。

　　三、舍内异味效率除去：
　　二氧化氯具有去臭的特性，对舍内的甲胺、甲硫醇等有损害物质都有显明的降解效果。研究结果表明：在养殖的圈舍内，用二氧化氯喷洒12h之后，可使氨气的浓度维持在原来水平的3.5%、硫化氢维持在原来水平的2.5%，充分地解决了圈舍内有损害物质对动物的侵害难题。
　　四、种蛋熏蒸消毒：
　　通常来说，传统的种蛋消菌都是用高锰酸钾、甲醛等进行熏蒸处理。这种处理方式对人和畜的危害性都比较大，环境污染也较为严重。通过二氧化氯和高锰酸钾、甲醛等的熏蒸试验比较来看，在同样熏蒸12h之后，新型的二氧化氯消毒剂与高锰酸钾、甲醛等的消毒效率大致相同，对蛋表面的消菌率均能达到98.8%左右。在同样熏蒸24h之后，两种药物对蛋表面的消菌率都可达到100，较之其他的高锰酸钾、甲醛等剂物熏蒸消毒相比，二氧化氯熏蒸种蛋的蛋壳显明变脆，越加有益于雏鸡的孵化，孵化率显明增加了2%～4%。