水产芽孢杆菌产生的抵菌物质种类有较多，除了有机酸、过氧化氢和酯类物质外研究较多的是菌类素和抵菌肽。

　　1、抵菌肽：

　　根据芽孢杆菌产生脂肽类抵菌物质的结构及其带电性质，将其分为环状阳离子脂肱、环状非阳离子脂肽和线性阳离子脂肽。

　　其中环状阳离子脂肽的C末端，被酰胺键离子化脂质末端和酰化的N末端氨基酸相接。阳离子电荷一般来自24-二氨基苯甲酸残基(Dab)。基于结构的不同又可细分为多粘菌素Polypeptins和Octapeptins。

　　2、菌类素：

　　菌类素是由核糖体合成的小分子多肽或蛋白，对同种近绿菌株的生长具有一定的抵御作用，但对真核胞体没有抵御作用且没损害、无抗药性，很多研究结果表明其能被小鼠肠道中，特定的蛋白酶水解具有一定的安全性，为它们在食品和医药中的应用提供了前提。

　　根据水产芽孢杆菌所产菌类素的结构将其分成3类：

　　第Ⅰ类为经核糖体合成翻译后修饰的羊毛硫菌类素，其结构中含有羊毛硫氨酸这是羊毛硫菌类素越显明的特点。第Ⅰ类菌类素又分成3种:la具有线性结构，带正电荷;b具有球形结构带负电荷或不带电；le既具有线性结构也具有球形结构。

　　第Ⅱ类菌类素为非羊毛硫菌类素或未修饰的多肽。这种菌类素又可分为4种:Ila片球菌素类Ih由单独的2条多肽组成的菌类素；Ile没有前导序列通过See途径分泌。Id为非片球菌素类的杂肽。

　　第Ⅲ类菌类素为热敏锐大分子分为溶菌类菌类素(Il)和非溶菌类菌类素(IIb)。菌类素分类系统能为相关的研究提供许多有利的信息，但由于菌类素的多样性和结构信息的缺乏，使得该分类系统还需要进一步完善。

　　羊毛硫菌类素：

　　有学者从水产芽孢杆菌OSYDF发酵产物中分离出一种分子量为2983Da的羊毛硫菌类素(Paenibacillin)，该菌类素能抵御革兰氏阳性菌生长，包括某些食源性致疾菌和腐生菌。有学者对Paenibacillin生物合成途径进行了研究，为该菌类素药物的生产提供了理论支持。