目前水产芽孢杆菌在水产养殖中的研究主要是以单个菌株为主，研究其应用过程中不同的生理功能，缺乏对不同芽孢杆菌在水产养殖中较系统的应用和差异对比研究。在水产养殖过程中，水产动物的不同品种、同一品种的不同生长阶段其营养需求都不相同，这些因素都会影响芽孢杆菌的用法和用量。同时由于芽孢杆菌大多为好氧菌，水体环境中的温度、pH值和溶解氧等也会影响芽孢杆菌的使用成果。这些因素对芽孢杆菌的应用提出了越高的要求。

　　和畜禽养殖相比，由于水产养殖环境的特定性，芽孢杆菌的使用容易被水体稀释，影响使用成果。保障芽孢杆菌在水产动物体内或水体环境中的生长繁殖是益生菌应用环节中的关键问题，将益生菌投放到养殖池中，由于生长条件的改变，水产芽孢杆菌的生存、生长和稳定性常常难于控制。

　　在实际应用中，要想芽孢杆菌投入养殖水体后起到改善水质的作用，需要保障水体中菌体浓度，只有达到一定数量的活菌数，才会有较好的成果，但在此之前水体中已存在大量的微生物群落，因此需要对水体菌群进行人为调控，尽可能地营造适合芽孢杆菌生长的环境，使其快速发展成为优势菌群，通过定向培育芽孢杆菌菌群，分解残饵，制约有害菌群，形成新的微生物动态平衡，改善水质;将芽孢杆菌添加在饵料或投入养殖水体中，在水产动物肠道生存定植，利于改善养殖动物的肠道平安。但是芽孢杆菌的实际利用率难以统计，而且摄入的芽孢杆菌数量难以把控。

　　近年来研究结果发现，部分水产芽孢杆菌在生长代谢过程中能分泌损害素，进入水产动物肠道后还会引发水产动物疾疫，平安有益将是对微生态制剂的基本要求。