水产芽孢杆菌的表达体系是食用等别安全的表达系统，其可通过增进表达载体的稳定性和增进芽孢杆菌表达体系的分泌来表达效率，获得越加效率的芽孢杆菌系统。该体系的优点有：

　　一、增进质粒的稳定性：

　　自主复制质粒、整合质粒与噬菌体均可以用作表达载体，自主复制的质粒应用较多。—代主要来自革兰氏阴性菌等，通过重组构成带有双抗性标志的嵌合质粒。二代质粒载体是为穿梭质粒，可在大肠杆菌的表达系统与水产芽孢杆菌表达系统里表达外源蛋白。三代质粒的表达载体是由芽孢杆菌的隐形质粒和大肠杆菌的质粒共同构成嵌合质粒。

　　二、表达调控元件的选择：

　　调控元件启动子分有诱导型的启动子与组成型的启动子。组成型启动子可以持续的表达蛋白，用的较多的是P43启动子。诱导型的启动子可以使用环境应答和化学诱导的方式对目的基因的表达过程进行调控，相比于组成型启动子来说可以越好的调整基因表达。经过对表达调控元件进行了优化与对表达过程加以诱导调整，可以增进蛋白的表达效率。

　　三、增进表达效率：

　　水产芽孢杆菌本身会分泌多类蛋白酶，达300多种，这些蛋白酶的分泌常常会导致外源蛋白被降解，对于这一问题可使用诱导系统，常用的有葡萄糖诱导系统以及蔗糖诱导系统。使用较多的诱导系统有葡萄糖、木糖、IPTG诱导系统。P43使用木糖诱导，但木糖较贵，还没有在工业上取得广泛应用，而IPTG本身对微生物有损害作用，且本身成本也较高，也因此在工业上没有得到广泛使用。另外增进表达效率还可使用蛋白酶突变型菌株作为宿主菌。