在养殖管理中不可避免的会引人大肠杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌等疾原菌进入畜禽的肠道内，进入肠道的疾原菌会通过产生损害素和有害物质减少肠道微生物的种类与数量，降低肠道微生物的多样性，肠道微生物多样性的减少会降低肠内稳态和抵御疾原菌的能力。因此筛选具有抵菌能力的畜禽益生菌是一个重要的因素。研究已经表明，具有益生功效的益生菌能够分泌细菌素类的抵菌活性物质或者通过降低肠道p值抵御疾原菌的生长繁殖，因此作为候选畜禽益生菌要具有一定的抵菌能力。

　　日前常采用滤纸片扩散法、牛津杯法、平板打孔法、点种法以及双层平板法筛选具有抵菌活力的菌株。以牛津杯法为例，将新鲜培养的指示菌(如大肠杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌等)按1%接种量加入已高压消菌的培养基中混匀倒平板。用镊子将没菌牛津杯轻轻放入培养皿中，在牛津杯中加入初筛的菌株培养液，以加入原始培养基的牛津杯为对照，37℃培养过夜，测量抵菌圈直径。无论采用哪种方法，所筛选的候选菌株都要结合体内抵菌模型判断该菌株的抵菌能力。

　　除了上述重要的筛选标准之外，候选菌株的产酶能力、耐氧化、除NH或HS能力以及耐低温或高温等，研究者可根据研究目的或实际生产需求将上述标准以不同的加权值或选择其中的部分标准进行筛选，终端获得各具功能的系列畜禽益生菌。