一、益生菌的初步筛选：

　　在畜禽益生菌的研究中，候选益生菌的准确分类相当重要，也是益生菌安全性评价的基础。 建议采用表型鉴定和基因型鉴定相结合的方法对候选益生菌进行分类。格外在鉴定分离微生物的种属水平时，尽量采用分子技术，因为单一的表型鉴定结果不够充分。我国也已经把分子技术纳入到分离微生物的种属鉴定中。常用的表型鉴定方法如:形态学评估、革兰氏染色等，这些传统的分离鉴定方法只用于益生菌的初步筛选。目前分子技术已广泛用于分离微生物的种属鉴定，如:rRNA基因测序、蛋白质分析、核型分析、PCR技术等，这些技术能够对畜禽益生菌进行准确的区分，帮助研究者确定菌株的种属关系。然而16 SRRNA基因序列分析是一种比较常用的微生物分类方法。

　　二、胃肠道环境耐受性：

　　畜禽胃部的pH值相对会比较低，能够破坏大部分被摄入肠道内的微生物。肠道内胆汁盐的浓度随着时间变化，其中小肠部位胆汁盐浓度平均在0.3%左右。益生菌要在畜禽肠道内发挥益生作用须具有酸耐受性和胆盐耐受性。因此筛选益生菌要依次进行耐酸特性、耐胆盐特性、人工胃液耐受性和人工肠液耐受性检测。

　　具体地，将初筛的菌株培养液分别接种于不同pH值(2.0、3.0、4.0、5.0、6.0、7.0、8.0等)的液体培养基中，37℃培养过夜，测定ODm;将初筛的菌株培养液分别接种于不同胆盐浓度(0.1%、0.3%、0.5%、0.7%等)的液体培养基中，37℃培养过夜，通过平板计数法计算活菌数;将初筛的菌株培养液接种于人工胃液、人工肠液中，37℃培养，分别在0、30、60、180min采用平板计数法测定活菌数。

　　目前对于胃肠道环境耐受性没有统一的标准，评价的方法也不尽相同。有学者建议选用人工模拟的胃肠液，但plH值、酶及胆盐浓度应尽可能与畜禽的胃肠液一致。因此研究者在筛选畜禽益生菌时，要综合考虑畜禽胃肠道环境中的pH值、酶、胆盐以及个体等因素，这样才能保证筛选出的益生菌在应用时充分发挥益生作用。