在我国水处理中，二氧化氯消毒剂的使用仍处于研究阶段，因此针对性的规范以及标准还没有建立，所以在消毒工艺的选上还有盲区存在。根据二氧化氯的实线经验以及其本身特性，总结其主要可以应用到以下几种领域中。

　　1、地下水源铁、锰含量较高：

　　二氧化氯不但对有机物以及菌类具有良好的除去效果，同时在除去水中锰、铁的效果上也要高于氯气，格外是对锰的除去效果，越是氯气所不能及的。但目前水厂中还没有为除去水中锰、铁而单独使用二氧化氯的。因此，二氧化氯的使用应充分考虑水源情况及水质要求，通过综合分析确定选择氯气还是二氧化氯作为消毒剂。对于水源污染情况较为严重的，可以将二氧化氯作为预氧化剂，而氯气仍作为主要的用水消毒剂，这样综合利用成果越佳。

　　2、水源氨氮含量以及酸碱度较高：

　　二氧化氯消毒剂在水中的存在形式不同于氯气，是以分子形式存在，不会发生水解现象，所以对于水的pH值影响要小于氯气，且不会受到水中酸碱度的影响。我国水源往往氨氮含量都较高，传统的氯消毒为了保障消毒效果则需要进行氯气量的增加，而过多的氯气投入量又会速度增加氯化副产物，该矛盾较难解决，而二氧化氯的使用则能够良好的解决该类矛盾。

　　3、影响水源色、嗅、味的物质：

　　很多水厂都是以水库以及湖泊为水源，该类水源中水体会出现富营养化现象，而导致藻类反之过量，藻类以及植物在腐烂后水体中的放线菌就会大量的繁殖，从而改変了水质的色泽以及味道。这类水源采用二氧化氯消毒剂的效果从实际研究中发现，要高于氯气消菌的效果。